Vegetasjonen kan knyttes nærmere til middelhavsområdet enn det afrikanske fastland, til tross for at det sistnevnte ligger nærmere geografisk. Mange planter er endemiske, som drageblodstreet, kanarifuru, kanaripalmen, mange dylle-, ormehode- og vortemelkarter og en lang rekke arter i bergknappfamilien. På Tenerife danner en endemisk ertebusk, Spartocytisus supranubius, tette kratt på fjellplatået over 2000 moh.
Pattedyrene omfatter algeriepinnsvin, tre spissmus- og seks flaggermusarter. Dessuten finnes kanin, husmus, brun- og svartrotte på alle øyene, berberjordekorn er innført til Fuerteventura. 20 hvalarter og 4 havskilpadder er registrert i farvannet. 9 av de 12 landkrypdyrene (firfisler, skinker og gekkoer) er stedegne (endemiske) og flere av de vel 30 dagsommerfuglartene finnes heller ikke andre steder.
Mer enn 350 fuglearter er observert og 90 hekker. Seks strengt stedegne: kanari- og laurbærdue, kanariskvett (bare på Fuerteventura), kanarigransanger, kanarifuglekonge og blåfink (bare på Tenerife og Gran Canaria). Kanariseiler og kanaripiplerke finnes kun på Kanariøyene og Madeira mens kanariirisk i tillegg forekommer på Azorene. Dessuten minst 25 stedegne underarter.
