De to stedene Kölln og Berlin fikk hver for seg byrettigheter 1237 og 1307 et felles råd. De sluttet seg tidlig til Hansaforbundet, og ble på 1400-tallet residens for hohenzollerne. Under Trettiårskrigen sank folketallet til det halve, da byen flere ganger ble besatt og brannskattet både av keiserlige og av svenske tropper, og dessuten herjet av farsotter.
Sin første store oppgangstid fikk Berlin under Fredrik Vilhelm («den store kurfyrste») i annen halvdel av 1600-tallet. Han bygde Friedrich-Wilhelm-kanalen mellom Spree og Oder, som gjorde Berlin til omlastningshavn for trafikken mellom Hamburg og Breslau. Han anla også paradegaten Unter den Linden. Innvandrede hugenotter utgjorde i denne tid inntil 1/5 av byens befolkning. Etter at Preussen var blitt til, fortsatte Berlin å vokse ut gjennom 1700-tallet, ikke minst under Fredrik 2, selv om byen ble besatt og brannskattet også under Sjuårskrigen (1756–63). Folketallet var ca. 9000 i år 1600 og 182 000 i 1804.
Hovedstad
Grunnleggelsen av universitetet (1810), hvor filosofen Fichte var den første rektor, vitnet om at Berlin var blitt et sentrum også i åndslivet. Den industrielle utvikling i Tyskland i annen halvdel av 1800-tallet og dannelsen av Det tyske rike i 1871 gjorde Berlin til verdensby og rikshovedstad, med et brusende liv, et sentrum av storslått karakter, et mektig næringsliv og institusjoner for alle områder av kulturlivet. Fornøyelseslivet var rikt, men byen hadde et strengt og prøyssisk-militært preg, og de svære industristrøkene var temmelig grå.
I 1920 ble store områder innlemmet i Berlin, som dermed fikk sin nåværende utstrekning. I 1939 var folketallet ca. 4,3 mill. Under den annen verdenskrig ble Berlin utsatt for mange store flyangrep. Til sist var det kamper i selve byen; de endte med fullstendig sovjetisk erobring 2. mai 1945.
Det allierte kontrollråd for Tyskland, dannet 5. juni 1945, fikk sete i Berlin, og i løpet av sommeren overtok USA, Storbritannia og Frankrike hver sin sektor i den sørlige og vestlige del av Berlin; resten av byen ble besatt av russerne. Forvaltningsmessig vedble Berlin å være et samlet hele, øverste myndighet lå hos de fire okkupasjonsmakters felles kommandantur.
Blokade
Etter hvert oppstod det et skarpt motsetningsforhold mellom de russiske myndigheter og vestmaktmyndighetene. Den 24. juni 1948 iverksatte russerne fullstendig blokade av forbindelsen til lands og til vanns mellom Vest-Tyskland og vestmaktsektorene i Berlin. Blokaden var mulig fordi Berlin lå inne i den russiskbesatte del av Tyskland. Som svar på blokaden åpnet vestmaktene 28. juni en luftbro med løpende tilførsler per fly i storstilt omfang, og russerne ble nødt til å heve blokaden 12. mai 1949. Alt i juli 1948 hadde russerne forlatt felleskommandanturen, og striden førte til en dyptgående deling av Berlin. Vest-Berlin og Øst-Berlin fikk hvert sitt styre.
Delt by
Vest-Berlins forfatning (1. sept. 1950) bestemte at Berlin skulle være delstat og by i Forbundsrepublikken Tyskland, men denne bestemmelse ble suspendert av okkupasjonsmaktene, slik at byens representanter i den vesttyske forbundsdagen ikke hadde stemmerett.
Særskilt forvaltning for Øst-Berlin ble opprettet 30. nov. 1948, og fra 1949 var Øst-Berlin DDRs hovedstad. En oppstand i Øst-Berlin 17. juni 1953 mot regimet ble slått ned ved hjelp av sovjetisk våpenmakt.
Som berøringspunkt mellom to hovedblokker i verdenspolitikken har Berlin hatt en særdeles utsatt stilling. Forholdet mellom den vestlige og den østlige del av byen ble sterkt forverret i 1961, da de østtyske myndigheter for å stanse flyktningstrømmen mot vest sperret grensen mot Vest-Berlin med en mur tvers gjennom byen (se Berlinmuren).
I 1972 ble det mulig for vestberlinere å besøke sine slektninger i Øst-Berlin, samferdselen mellom Vest-Berlin og Vest-Tyskland ble lettere.
Gjennom sommeren og høsten 1989 ble Øst-Tyskland preget av en økende fluktbølge, etter hvert også massedemonstrasjoner. 9. november besluttet myndighetene å gi muligheter for fri utreise, og beslutningen ble – antagelig ved en misforståelse – gitt øyeblikkelig virkning. Natten til 10. november ble grenseovergangene i Berlin åpnet, og hundretusener av østberlinere benyttet anledningen i de nærmeste dagene til å besøke Vest-Berlin. Flere grenseoverganger ble åpnet i ukene som fulgte; ved Brandenburger Tor ble det åpnet for passering rett før jul.
Samling
I løpet av 1990 ble muren fjernet, bortsett fra noen få deler som skulle bevares. Berlin ble igjen brennpunktet for forholdet mellom øst og vest i Europa, nå som skueplass for den egentlige avslutningen av den annen verdenskrig: samlingen av Tyskland og Berlin. De fire seiersmaktene etter den annen verdenskrig sa fra seg sin myndighet over Berlin, og byen ble formelt samlet i oktober 1990.
Berlin fikk status som hovedstad og egen delstat, og i 1991 vedtok forbundsdagen at Tysklands regjering og forbundsdag skulle flytte fra Bonn til Berlin. Byen har siden midten av 1990-årene vært i stor forandring med en rekke monumentale byggeprosjekter. Riksdagsbygningen sto ferdig ombygd til Forbundsdagen 1999, og det har pågått en kontinuerlig utbygging av offentlig administrasjon. De fem nordiske land åpnet et felles nybygd ambassadekompleks 1999. 2003 startet byggingen av et stort minnesmerke over ofrene for holocaust. Berlin fikk ny administrativ inndeling 2001. Berlin er etter århundreskiftet også i gang med å gjenerobre deler av sin gamle status som et senter for nye ideer innen kunst og kultur.
